有研究发现，人们可以通过饮食调节改变体内的微观生物群系。于是，近年来，从饮料、片剂到胶囊剂，益生菌产品非常流行。2011年，全世界益生菌产品的销售额达到280亿美元，而这个数字预计到2016年上升到420亿美元。问题是，益生菌究竟能够对人体起多大的作用呢？商家夸大了益生菌的作用生产商总是声称，益生菌产品有这样或那样的好处，比如，“可以帮助你增强免疫系统，提高自然防御能力”，“帮助形成自然排便规律”或“保持肠道中好细菌的主导地位”等。知名乳业专家王丁棉表示，所谓益生菌，是通过改善宿主肠道菌群平衡对宿主发挥有益作用的活的微生物的总称。真正的益生菌可通过引进非致病性微生物与致病细菌形成竞争，从而有效地维护肠道微生物群落的生态平衡。人类关于益生菌的研究已有上百年的时间，的确发现了它对人体的一些可能存在的积极作用，比如促进肠蠕动，维持肠道正常菌群，抑制肠内腐败等。其中，益生菌在乳制品的应用尤为广泛。中国农业大学食品学院营养与食品安全系副教授范志红说，乳制品常常加入的益生菌主要是嗜酸乳杆菌（代号为A）和双歧杆菌（代号为B，其中包括多个品种），还有一些乳酪乳杆菌的菌株，以及其他一些菌株。这些菌种经过长期筛选，经过科学研究，证明保健作用比较强。理论上来说，益生菌酸奶会比普通酸奶再增加一些好处。然而，范志红表示，益生菌并不是吃一两个菌就有用的。一定要达到足够的活菌数，才能起到足够的保健作用。从益生菌的研究报告来看，要达到10的8次方甚至10的10次方以上，才能有足够的保健活性。益生菌到达胃里就被杀死尽管很多产品都标注为乳酸菌饮料，但是还有活菌饮品与非活菌饮品的区别，由于“活性”乳酸菌饮品内含大量活菌，而这类益生菌怕较高的温度（这也是所有益生菌的共同特点），因此需冷藏（一般为2-10℃）保持菌的活性，保质期一般在1-2个月以内。而在生产“非活性”乳酸菌饮品时，为了延长保质期或者是技术水平不够，在乳酸菌发酵后需经加热杀菌，因此，产品中不再含有活菌。而乳酸菌饮料是否能够有效地发挥益生菌的作用，主要取决于使用菌种的活性。“很多乳酸菌饮料企业，其实都是死菌型产品，却以活菌的价格销售，以获取暴利。”王丁棉表示，益生菌不是一种菌，而是一类活性微生物。实际上只有活的、有足够数量并对宿主产生有益影响的微生物菌种才能被称为益生菌。另外，益生菌怕酸，有很多往往刚刚到达胃里，就被胃酸给杀死了。2014年11月，伦敦大学药剂学院的研究人员也对此予以了证实。不能过分神化益生菌的功效利物浦皇家大学医院的肠道相关疾病专家乔纳森·罗德斯教授说，“肠道细菌与健康之间复杂的关系正在得到越来越多的认识，改变肠道细菌可能对健康产生影响”。但是他也指出，到目前为止，益生菌只在极少数特定病例中被证明有缓解作用。一项由加拿大科学家完成的关于益生菌的大规模系统分析涉及84项研究报告，上面有超过10000名患者的国际试验的结果。结论是：“在一般情况下，益生菌有利于预防和治疗胃肠道疾病。”但问题是，只有某些细菌，对于极少数非常特殊的疾病，诸如艰难梭菌感染和强大（广谱）抗生素导致菌群紊乱引发的腹泻才能产生影响。对于普通人，“以防万一”为基础的服用益生菌产品不可能获得多少好处。与之相反的是，一些专家担心，人体长期使用人工合成的益生菌产品，会促使肠道功能逐步丧失自身繁殖有益菌的能力，久而久之人体肠道便会产生依赖性，这在医学上称之为“益生菌依赖症”。

另外，2008年，荷兰乌得勒支大学医学中心研究者在《柳叶刀》杂志上报道了益生菌可能会引起重症急性胰腺炎患者的肠道致命性局部缺血危险。其实，益生菌产品有点类似于维生素补充剂，正常饮食的健康人完全可以通过饮食获得足够的维生素，而无需通过补充剂来额外补充，益生菌也是如此。（本报综合）